Die Ausstellung "Rungholt. rätselhaft und widersprüchlich" erstreckt sich über die gesamte Fläche für Sonderausstellungen im Obergeschoss des NordseeMuseums. Aufgeteilt wurde sie in mehrere Themenbereiche:

An den Außenwänden der Ausstellung kann der Besucher den um Rungholt gebildeten Mythos verfolgen. So werden an zahlreichen Hörstationen bekannte literarische Stücke um Rungholt angerissen. In Vitrinen sind eine Vielzahl von literarischen Rezeptionen des Rungholt-Mythos zu entdecken. Die Bücher, die sich mit dem Thema Rungholt befassen gehen von der hohen Literatur Detlev von Liliencron bis zum Horrorschocker Comic "Die Glocken von Rungholt". Auch in der Kunst findet man den Mythos Rungholt wieder. Lithografien des Künstlers Georg Lesser zeigen die "Stadt" Rungholt im typischen Heimatschutzstil der 20er Jahre des vergangenen Jahrhunderts.

Themenkoje 1 (Einstiegssituation): Ein großes Gemälde von Albert Johannsen zeigt die Hallig Südfall und die darum liegenden Kulturspuren. Zeitgleich kann der Besucher daneben dem Küstenverlauf Nordfriesland im Laufe der Jahrhunderte folgen.

Themenkoje 2 (Die erste Besiedlung in der Steinzeit): Das Wattenmeer und damit das Gebiet um Rungholt wurden bereits in der Steinzeit besiedelt. Davon zeugen bis heute eine Vielzahl von steinzeitlichen Funden.

Themenkoje 3 (Die wissenschaftlichen Methoden): Archäologen wenden für ihre Wissenschaft verschiedene Methoden an. Schwierig ist es, diese in den Ausstellungen näher zu erläutern. Deswegen widmet sich diese Koje der wissenschaftlichen Vermittlung. An einer Filmstation erklären in vier verschiedenen Filmen Wissenschaftler ihre Methode (z.B. zur Datierung) in fünf Minuten. Dazu bieten Objekte an den Wänden die Möglichkeit dieses selbst nachzuvollziehen. Auch die Gesichtsrekonstruktion des  "Rungholters" befindet sich hier.

Themenkoje 4 (Die Waffen auf Rungholt): In Rungholt wurden verschiedene Waffentypen des Mittelalters aufgefunden. Darunter einige seltene Schwerttypen, aber auch Schlagkolben und Dolche. Dies deutet darauf hin, dass zum einen evtl. Adlige in Rungholt lebten und zum anderen ein gewisser Schutz von Nöten war.   

Themenkoje 5 (Der Hafen von Rungholt): Der Hafen von Rungholt scheint eine besondere Rolle gespielt zu haben. Anders ist es nicht zu erklären, dass dort eine schiffbare Schleuse mit einer Länge von 25m und einer Breite von 5 bis 6m entstand. Diese Schleuse gilt als das größte Bauwerk seiner Zeit in Nordfriesland. Ob die Schleuse von großen Schiffen befahren wurde wissen wir nicht.

Ein Modell des Kirchturm von Pellworm zeigt dessen Funktion, als vermutete Landmarke für die Einfahrt in den Hafenbereich. Dieser Kirchturm, der noch kilometerweit zu sehen war, konnte nur durch einen finanzkräftigen Partner finanziert werden. Ob die Hanse oder das dänische Königreich den Bau dieses wichtigen Seezeichens finanziert haben, wissen wir nicht, aber es ist anzunehmen.

Themenkoje 6 (Der Alltag): Der Alltag in Rungholt war vermutlich  geprägt von Arbeit und Gebeten. Dabei fand die Arbeit sowohl auf dem Felde als auch im "Hafen" von Rungholt statt. Funde des alltäglichen Lebens werden in diesem Bereich gezeigt. Einzelne Hausreste von der Warft 13 gehören dazu sowie feinste Schmuckfragmente. Spinnwirtel, Kamm und Nadel deuten auf die häusliche Arbeit in Rungholt hin. Rekonstruierte mittelalterliche Textilien verdeutlichen das vermutete Aussehen der Rungholter. Auch Gefäße des alltäglichen Lebens werden gezeigt.

Themenkoje 7 (Der Handel): Der Handel spielte in Rungholt eine zentrale Rolle. Handelsrouten deuten sich mit dem Rheinland, Schweden, England, Dänemark, Niederlande an und sogar Objekte aus Südspanien wurden in Rungholt gefunden. Ob die sogenante spanisch-maurische Lüsterkeramik tatsächlich Handelsgut oder nur Mitbringsel war, können wir heute nicht mehr nachvollziehen.

Themenkoje 8 (Salzgewinnung): Ein wichtiges Handelsgut der Rungholter war das Salz. In einem komplizierten Prozess gewannen sie das Salz aus dem Torf vor ihrer Haustür. Die Theorie, dass sie sich durch den Salztorfabbau den Boden selbstabgegraben haben und ihren Untergang selbstverschuldet haben, scheint heute widerlegt. Es wird sicherlich mit ein Grund gewesen sein, aber nicht der entscheidende.

Entscheidend für den Untergang waren folgende Faktoren:

1. Salztorfabbau, aber die Fläche die abgebaut wurde, war bei weitem nicht so groß wie in anderen Gebieten der Nordseeküste.

2. Der Meeresspiegel war innerhalb kürzester Zeit um 2,5m angestiegen.

3. Die 3 bis 4m hohen Deiche waren diesem hohen Meeresspiegel nicht gewachsen (Technikgläubigkeit der Menschen)

4. Rungholt war auf Sand gebaut

5. Ungünstige Wetterkonstellation und klimatische Auswirkung der "Kleinen Eiszeit"

Themenkoje 9 (Kirche): Urkunden belegen die Existenz mindestens einer Kirche in Rungholt. Sie war eine sogenannte Kollegiatskirche (Vorstufe zum Kloster). Die Bedeutung Rungholts wird hinsichtlich der besonderen Stellung der Kirche aufgewertet. Denn Klöster siedelten sich nur lohnenswerte Orte an. in dieser Koje werden unter anderem Backsteine der vermuteten Kirche von Rungholt gezeigt.  

Themenkoje 10 (Andreas Busch): Andreas Busch gilt als Begründer der Rungholt-Forschung. Gezeigt werden einige seiner Manuskripte, dazugehörige Publikationen sowie eine Universitätmedaille, die ihm kurz vor seinem Tod verliehen wurde. Eine Replik seines Grabsteins sowie eine Gedenkplatte, die in Zusammenarbeit mit der Familie von Busch, dem Nordstrander Heimatverein und der Steenhaueri Timme in Hattstedt entstanden ist, zeigt die wahre Leidenschaft von Andreas Busch - die Klimaforschung.